《名侦探柯南》世界。 在经历了数年的黑暗对抗后，少年侦探团的成员们已经从当年的小孩子成长为高中生。 那个曾经让整个东京警察都束手无策的黑衣组织，在工藤新一和宫野志保的联手下，终于在一场决战后彻底瓦解。 随着组织的覆灭，那颗萦绕在两人心头多年的噩梦也终于散去。 在一个晴朗的早晨，工藤新一和宫野志保站在阿笠博士家的阳台上，同时吃下了久违的aptx4869的解药。 药物在体内迅速分解，身体开始发生剧烈的变化——骨骼拉长、肌肉增长、身形逐渐恢复成原本的模样。 看着镜子里重新变回工藤新一的自己，宫野志保也恢复了那个知性优雅的科研精英模样。 宫野志保，这位曾经的雪莉，如今褪去了伪装，展现出她真正的美貌。 “新一，从今天开始，我要在米花高中任教，虽然组织已经覆灭，但我的研究还没有结束。” 宫野志保平静地说道，语气一如既往地冷静。 工藤新一则选择继续做一名侦探，用他那敏锐的洞察力继续守护这座城市。 而少年侦探团的其他成员——圆谷光彦、吉田步美和小岛元太，他们至今都不知道那个总是和他们在一起的眼镜正太柯南，就是他们崇拜的大侦探工藤新一。 同样，他们也不知道那个神秘的茶发少女灰原哀，就是曾经在组织中代号雪莉的宫野志保。 这天下午，阿笠博士因为临时有事外出，而光彦和元太则来到了博士家玩耍。 两人在偌大的别墅里转了一圈，却没发现博士的身影。 “博士人呢？该不会又去实验室了吧？” 光彦疑惑地说道。 元太耸了耸肩：“谁知道呢，反正他总是神神秘秘的。 话说回来，我有点渴了，去厨房 看看有什么喝的。” 两人顺着楼梯来到了一楼，却意外发现了一扇通往地下的门。 出于好奇，他们推开了门，一股消毒水的味道扑面而来。 “这是什么地方？怎么会有实验室？” 光彦惊讶地说道，看着眼前各种精密的...

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